蛋白质的二级结构模型，蛋白质的二级结构和三级结构

蛋白质的二级结构是指肽链主链的空间流动(折叠和缠绕)，是有规律重复的构象。

最常见的二级结构单元是-螺旋和-折叠，它们的各种组合决定了蛋白质的主体结构。

– turn是使肽链旋转约180的紧凑型二级结构单位。

该结构中第一个氨基酸的羰基与第四个氨基酸的氨基形成氢键。

-角蛋白结构常见于球状蛋白质，可占总残基的四分之一。

该结构用于肽链的折叠，因此多位于球状蛋白质的表面。

根据具体结构，-角又可分为型、型和型等。

-角，引自百度百科

还有一种比较特殊的二级结构单元，称为随机卷曲。

是指没有一定规律的松散肽链结构。

这种结构看起来很杂乱，但对特定的蛋白质是确定的，不是随意折叠的。

因为实际上是很多特异性结构的总称，所以不会像前述3种结构那样在各种蛋白质中重复出现，没有固定的结构参数。

球状蛋白质中含有大量随机卷曲，有发生球状构象的倾向。

这种结构具有很高的特异性，与蛋白质的生物活性密切相关，往往对外界理化因子非常敏感。

例如，酶在活性中心的构象往往是随机卷曲的。

除了上述常见的二级结构单元外，还有不常见的结构。

例如，环由10个残基组成，如希腊字母。

相邻二级结构单元组合相互作用、规则排列、空间可识别的二级结构组件称为超二级结构。

它是介于二次结构和三次结构之间的层次，是进一步构成三次结构的基础。

细胞色素c含有-型超二级结构

常见的超二级结构有、、等类型。

是由两股或三股右手螺旋缠绕而成的左手超螺旋，重复距离约140埃。

在超螺旋的影响下，每个螺旋都稍微偏离了独立的结构。

毛中-螺旋就是这样，三条右手螺旋形成左手超螺旋，称为原纤维，直径2纳米。

原纤维还排列成“9.2”微纤维，直径8纳米。

数百根微纤维构成更大的纤维，最终构成皮质细胞。

生物分子采用了非常相似的分层结构，但DNA的结构与蛋白质完全不同，但同样是一层一层地反复折叠压缩，最终形成染色质结构。

折叠间由-螺旋或随机卷曲连接。

磷酸丙基异构酶的桶形结构就是这种超二级结构的结合。

是一级结构上连续的反平行折叠由紧凑的角连接而成，也包括锯齿形和环拓扑等不同形式。

脯氨酸异构酶由构成桶状结构

motif中文翻译为模体和基序等，有人认为蛋白质结构的意义与超二级结构非常相似，两者完全相同。

但是，motif一般是指蛋白质种类中常见的结构元件，且多从功能的角度考虑，因此不限于二级结构组合。

例如，在细胞粘附过程中起重要作用的RGD motif只由Arg-Gly-Asp三肽组成。

该模板已在多种蛋白质中被发现，且至少有8种全联蛋白超家族成员识别了该三肽序列。

CagL蛋白质中的RGD motif (洋红色)。

引自结构2013